Las áreas prioritarias de investigación del centro son:

Tecnologías emergentes:

•  Regeneración de aguas
•  Tecnologías de membranas
•  Tratamiento de aguas potables y residuales

Calidad del agua:

•  Calidad microbiológica
•  Calidad ecológica
•  Contaminantes emergentes
•  Calidad organoléptica

Gestión del recurso agua:

•  Hidronomía (aspectos económicos)
•  Percepción social
•  Participación pública
•  Cambio climático